fuera obra del arquitecto Alonso de Covarrubias (ca. 1488-1570). A esta duplicidad arquitectónica se uniría a partir de 1619 la construcción de la capilla de la Inmaculada Concepción y la ampliación de las naves laterales y de los pies de la iglesia en 1789-1790. En esta última intervención se configuraría la fachada principal del templo que mira a la plaza.
Desde la fundación del lugar de Navalcarnero en 1499 su iglesia parroquial quedó bajo la autoridad del arzobispado de Toledo. El párroco doctor Juan Bautista de Madrid ha pasado a la historia de nuestra villa por la cesión (resigna) de su curato a la Compañía de Jesús. Las bulas de anexión de 1563 y 1566 ratificaron este traspaso a favor de un colegio de jesuitas que pronto se levantaría junto a la iglesia y que a su vez dependería del Colegio Máximo de Alcalá de Henares. Desde este momento hasta la expulsión de los regulares en 1767 el rector del Colegio de Navalcarnero ostentaría el cargo de párroco.
En 1885 la iglesia de la Asunción se constituyó como cabeza del arciprestazgo del nuevo obispado de Madrid-Alcalá