El Colegio Convento de San Agustín en Alcalá de Henares fue fundado en 1518, aunque el verdadero artífice de la misma fue el agustino, y antiguo colegial del Mayor de San Ildefonso, Santo Tomás de Villanueva. A partir de 1555, gracias a la protección de doña Juana de Austria, paso a formar parte del Patronato Real.