El municipio de San Fernando de Henares se encuentra en la confluencia de los ríos Henares y Jarama, en el este del área metropolitana de la ciudad de Madrid, a unos 17 km. de distancia. La tradicional dominación de la agricultura como sector productivo, apoyada en la enorme necesidad de abastecimiento de la gran urbe madrileña, ha sido sustituida por el poderío industrial. Ese cambio de tendencia ha ido acompañado de un notable impulso demográfico, a partir de la década de 1970, que ha elevado hasta más de 39.000 el número de sus vecinos. El ensanche del núcleo habitado principal ha coincidido con el de la vecino municipio de Coslada, razón por la cual ambas ciudades parece que se unen hasta formar una sola.
Parte de su término municipal está comprendido dentro de un espacio natural protegido, el Parque regional en torno a los ejes de los cursos bajos de los ríos Manzanares y Jarama, más habitualmente conocido como Parque regional del Sureste. A este respecto, en la localidad tiene su sede uno de los centros de educación ambiental creados para servir de preámbulo al propio parque: el Centro de Educación Ambiental Caserío de Henares, ubicado en las afueras del principal núcleo de población de San Fernando, en una finca de la vega del río Henares, ya en el interior del espacio natural. Cuenta con un aula, una sala de exposiciones, una zona de recreo, unos huertos de ocio e itinerarios educativos por la ribera del Henares.
El asentamiento humano en la zona se remonta al neolítico, como muestran los yacimientos arqueológicos locales. Pero el verdadero nacimiento de San Fernando de Henares tuvo lugar en 1746, cuando el rey Felipe V ordenó que se creara una fábrica de paños superfinos, al modo de las otras reales fábricas que se iban levantando en España, en un lugar cercano a la ciudad de Madrid y de Alcalá de Henares llamado Torrejón de la Ribera, pero el proyecto sucumbió antes de que arrancara completamente. En 1868, el municipio dejó de pertenecer a la monarquía, dejó de ser el Real Sitio de San Fernando de Henares, y se constituyó con su propio ayuntamiento.
Un monumento de interés del municipio es el castillo de Aldovea, declarado bien de interés cultural en 1949. También es muy interesante el propio núcleo urbano primigenio del término, que desde 1983 es conjunto histórico.
El castillo de Aldovea es tanto un castillo como un palacio. Primero fue una fortaleza erigida durante la época de la Reconquista, a finales del siglo XI, o principios del XII, para defender la ribera del Henares. En el siglo XVIII sus propietarios decidieron construir allí, donde languidecía el castillo decadente, un palacio. Mientras éste se conserva en buen estado, lamentablemente poco o nada queda de lo que fuera el castillo. Al ser de propiedad privada, no se puede visitar su interior.
Por lo que respecta al núcleo urbano, lo que ha recibido la declaración de conjunto histórico es cuanto se edificó alrededor de la fábrica de paños, es decir, las viviendas de los trabajadores de la misma, la plaza cuadrada que había y hay frente a la factoría, hoy plaza de España, unida por medio de un eje con otra plaza, redonda, la actual plaza de Fernando VI. La fachada del actual edificio del Ayuntamiento era la fachada de la fábrica, que es lo único que queda de ella..
En San Fernando de Henares también se encuentra un importante parque acuático, Aquópolis.
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